Germană internaţionale s-au alăturat curent liderii Bundesliga la vârsta de 11 ani şi lucrat drumul până prin rândurile de tineret echipa, făcându-și debutul senior în 2008.

El a devenit un regulat în prima echipă anul următor şi a fost influent pentru Bayern acest sezon, marcând 13 şi înfiinţarea 10 goluri în 25 jocuri în ligă.

Director de Munchen, Karl-Heinz Rummenigge, exprimat plăcerea lui la păstrarea Müller într-o cămaşă de Bayern. El a spus site-ul oficial al clubului: "contractul său a fugit până în 2015 în orice caz, dar noi suntem încântaţi că extinderea doi ani până în 2017 la acest stadiu incipient. Este, de asemenea, dovadă a angajamentului de Thomas Muller a FC Bayern."